Nacque nell'Alto Egitto, nel 287, da genitori pagani. Arruolato a forza nell'esercito imperiale all'età di vent'anni, finì in prigione a Tebe con tutte le reclute. Protetti dall'oscurità, la sera alcuni cristiani recarono loro un po' di cibo. Il gesto degli sconosciuti commosse Pacomio, che domandò loro chi li spingesse a far questo. «Il Dio del cielo» fu la risposta dei cristiani. Quella notte Pacomio pregò il Dio dei cristiani di liberarlo dalle catene, promettendogli in cambio di dedicare la propria vita al suo servizio. Tornato in libertà, adempì al voto aggregandosi a una comunità cristiana di un villaggio del sud, l'attuale Kasr-es-Sayad, dove ebbe l'istruzione necessaria per ricevere il battesimo. Per qualche tempo condusse vita da asceta, dedicandosi al servizio della gente del luogo, poi si mise per sette anni sotto la guida di un vecchio monaco, Palamone. Durante una parentesi di solitudine nel deserto, una voce misteriosa lo invitò a fissare la sua dimora in quel luogo, al quale presto sarebbero convenuti numerosi discepoli. Alla morte dell'abate Pacomio, i monasteri maschili erano nove, più uno femminile. Del santo restò sconosciuto il luogo della sepoltura.